Após a subida de Oda Nobunaga ao poder em 1568 e sua aclamação como Xogun, a aliança surgida com os cristãos intensificou-se, inclusive com a criação na capital de um bairro exclusivo para os missionários jesuítas. Essa aliança, associada a um trauma de infância de Oda Nobunaga, resultou na perseguição das seitas budistas e no massacre de populações inteiras das aldeias Ninja de Koga e Iga, tidas como seguidoras do Budismo Shingon.

A primeira grande matança ficou conhecida como o Massacre do Monte Hiei, onde, em 1571, o Xogun Nobunaga comandou pessoalmente um exército de 30.000 homens que dizimou mais de 10.000 homens, mulheres e crianças. O exército do Xogun era o mais bem equipado da época, possuindo esquadrões de mosqueteiros, armados com as carabinas compradas dos portugueses.

Oito anos depois, Nobunaga não estava satisfeito com o massacre. Juntamente com seu filho Katsuyori, reuniu 46.000 homens para investir definitivamente contra os clãs Ninja restantes. Eles arrasaram completamente a província de Koga, aonde poucos foram os Mestres restantes. Após a vitória sobre Koga, este exército investiu contra a província de Iga, arrasando-a na batalha de Tensho Iga no Ran. Esse não foi o fim dos massacres do Xogun. Dois anos depois houve um novo ataque e somente alguns poucos Ninja conseguiram escapar para as montanhas.

Em 1582, Oda Nobunaga é assassinado por um de seus próprios vassalos, Akechi, que aproveitou a situação para tomar o castelo Azuchi. Entretanto, o general Toytomi Hideyoshi, que lutava por Nobunaga, agiu rapidamente e retomou o poder. Um dos seus primeiros decretos foi a proibição aos camponeses de possuir ou portar armas, o que ficou conhecido como "Caça às Espadas".

Ao contrário de Nobunaga, Hideyoshi começou uma campanha de perseguição aos cristãos e os massacrou aos milhares, pois ele via a interferência e influência estrangeiras (mais do ocidente) como contraproducente ao seu objetivo de unificação do Japão. Um ano mais tarde, Hideyoshi percebeu que, com o massacre dos cristãos, ele tinha criado quase uma casta militar no país, causando a ascensão ao poder dos samurais. A proibição de porte e posse de armas tinha causado revoltas, tornando a cobrança de impostos muito difícil, o que interferiu nos seus planos de expansão.

Em 1600, dois anos após a morte de Hideyoshi, o segundo general favorito de Nobunaga, Tokugawa Ieyasu, vence a batalha de Sekigahara e assume o total controle do Japão. Para sufocar as rebeliões e submeter os daimyos ao seu controle, empregou uma vasta rede de espionagem, utilizando os Ninjas para reportarem sobre os nobres dissidentes. Devido a essa necessidade e por favores prestados no pasado, o mais famoso Ninja da época, Hanzo Hattori, foi elevado aos altos escalões do governo.

Em 1603 Ieyasu foi nomeado o novo Xogun, estabelecendo o seu governo na crescente cidade Edo, atual Tóquio. Durante o seu Xogunato, elaborou uma série de decretos que tiveram dramáticos efeitos sobre o Japão, e ironicamente, levaram ao declínio a poderosa força dos ninjas. Neste período (conhecido na história como Xogunato Tokugawa), Ieyasu bloqueou o comércio anterior com o ocidente e fechou o país aos estrangeiros. Com exceção de um pequeno posto de comércio em Nagasaki que operava com os holandeses, todos os portos foram fechados.

O país foi dividido em 250 feudos e, por ordem de Ieyasu, cada um era governado por um senhor supremo que devia passar um mês de cada ano na Capital em Edo, para reduzir a chance de conspiração.

Isolado do mundo nos 260 anos que viriam, o país unificou-se. Pela primeira vez em séculos, a ordem civil foi restaurada e restabeleceu-se a paz. O período ficou conhecido por "A Idade da Paz Ininterrupta". Infelizmente para os ninjas, esta paz selou seu fim como peças importantes. Permanecendo com o Xogun para proteger o Xogunato, Hanzo Hattori organizou seus ninjas num sistema de polícia secreta e espionagem, para informar Tokugawa sobre dissidentes e agitadores políticos, antes que se tornassem uma ameaça.

Mas com a paz, os mortais ninjas, temidos durante quase dez séculos pelo Japão, tornaram-se pouco mais que jardineiros e guardas de segurança e suas habilidades declinaram junto com sua arte. Muitos ninjas integraram-se à comunidade exercendo funções conforme suas habilidades, outros dedicaram-se à agricultura, renunciando às suas habilidades guerreiras. Os poucos ninjas não integrados à vida civil vagavam pelas altas montanhas perseguindo práticas religiosas. Conseqüentemente, as organizações ninjas se desfizeram - ou assim pensavam muitas pessoas. Alguns pequenos grupos foram para a anonimato para praticar suas técnicas, passando a cada geração os modos e métodos do Ninjutsu. Esses Clãs consiguiram manter vivas as tradições até os tempos atuais, visto o grande número de escolas existentes hoje em dia.