Os Ninjas, ou Shinobis, foram os espiões do Japão antigo. Esses guerreiros agiam de forma oculta e velada, realizando todos os tipos de missões. Assim como os samurais pertenciam a uma família nobre e tradicional de guerreiros e eram treinados desde criança, tanto nas artes militares quanto no seu código de ética – o Bushido –, os Ninjas também pertenciam a um determinado grupo familiar, sendo a maioria de origem camponesa, mas igualmente versada nas técnicas militares e estratégicas, sendo da mesma forma treinados desde a mais tenra idade. Também possuíam o seu código de honra, o Shinobi no Giri, que eram os conceitos de fidelidade, honra e lealdade tanto a sua família, como as ordens determinadas pelo líder de sua escola.

Os grupos familiares Ninjas constituíam um microcosmo estritamente fechado. Tradicionalmente a ordem hierárquica era composta de três níveis: jonin (líderes), chunin (sublíderes) e genin (agentes). Esses Grupos possuíam territórios próprios e seus ensinamentos, exclusivos de cada Ryu, se mantinham em segredo.

Devido ao condicionamento e treinamento constantes nas mais diversas áreas, entre elas no combate armado e desarmado, os ninjas adquiriam habilidades extraordinárias, o que lhes possibilitavam cuprir todos os tipos de missões. Em geral essas missões consistiam na infiltração em territórios hostis, realização de diferentes ações e posterior evasão. As distintas ações a serem realizadas eram tão variadas como as circunstâncias das mesmas, podendo ser encaixadas em três categorias principais - primeira: recorrer a um serviço de informação por meio da espionagem e todas suas atividades correlacionadas; segunda: sabotagem, assassinato, subversão e destruição das defesas inimigas; e terceira: ação no campo de batalha incluindo operações de combate de quase de todas as formas, que iam desde um confronto aberto até uma emboscada (que poderia ser contra uma vítima indefesa ou contra um Daimyo fortemente protegido).

O Ninja atingiu seu apogeu quando no fim do Período Heian, em 1185, o enfraquecimento do governo central japonês gerou constantes conflitos. Senhores feudais e líderes religiosos disputavam o poder, criando o perfeito cenário para o uso de espiões e assassinos, para eliminar adversários políticos. Assim raiou uma era de convulsão política chamada Período Kamakura (1192-133), também conhecida como a Era Dourada do Ninjutsu, onde surgiram mais de 70 Ryu (escola), cada um com seu método próprio de espionagem e uso de armas. A ditadura militar chamada Xogunato nasceu durante este período, sendo o imperador mera figura decorativa para o país. Junto com o Xogunato, o guerreiro samurai ascendeu ao poder assim como sua religião, o Zen-budismo, que fixou o alicerce da cultura samurai.

Contudo os samurais e os ninjas estavam em extremos opostos da balança. A utilização de agentes ninjas com seus talentos especiais, bem conhecidos por alguns daimyo (senhores feudais), parecia ser a solução ideal para estes últimos se livrarem de seus oponentes. Governando suas áreas e fazendo suas próprias leis, os senhores feudais deixavam seus postos para irem à guerra, e encarregavam seus fiéis samurais de assegurar o cumprimento de suas ordens.

Devido à demanda de informações sobre movimentos de tropas, o uso de espiões ninjas tornou-se comum, pois suas táticas resultavam na informação certa ao ouvido certo. Logo os senhores feudais descobriram que um ou dois agentes ninjas, além de baratos, colhiam mais informações do que um exército inteiro de samurais. Sob a proteção da escuridão ou disfarçados, segundo um conjunto de técnicas chamado Sichi-ho-de no Jutsu, eles moviam-se livremente pelas fortalezas do inimigo reunindo informações sobre tudo. Num curto espaço de tempo, os ninjas se tornaram essenciais para o serviço de inteligência.